中希文明互鉴中心的中方共建高校为西南大学、中国人民大学、山东大学和四川大学，希腊共建高校为雅典大学、亚里士多德大学、帕特雷大学和克里特大学。中方四校设立有协作共建委员会，希方四校设立有理事会，负责两个中心的管理工作，中希双方分别在雅典大学和西南大学设立秘书处，负责中心日常运行和沟通协调。两国的教育部和外交部为中心的指导部门。

中希文明互鉴中心（中方）设立协作共建委员会，由中方四校领导组成，负责中心重大事项的决策。设立有学术委员会，由中方四校相应领域的专家组成，负责中心学术事务。设立有秘书处，由中方四校代表组成，负责中心的日常事务和组织协调。目前，张卫国书记为协作共建委员会主任，崔延强教授为学术委员会主任，王勇教授为秘书长。

作为中希文明互鉴中心的中方牵头高校，西南大学主动担当作为，率先成立实体化运行机构西南大学中希文明互鉴中心，并参照教育部人文社科基地标准进行建设，与中方秘书处合署办公。西南大学中希文明互鉴中心主任为崔延强教授，常务副主任为王勇教授，副主任为李发研究员、郭美云教授。中心设立行政办公室、人才培养部、学术事务部、国际事务部、信息化部等部门。